سیا و قتل عام مردم اندونزی در سالهای 1965-1966
ازدیگر مواردی که در پای سازمان سیا در آنجا دیده می شود ماجرای قتل عام یک و نیم میلیون نفر از مردم اندونزی بود که یکی از ماموران سابق سیا بنام رالف مک گی در مارس سال 1981 میلادی در دادگاه بخش فدرال در واشنگتن علیه سیا به دلیل یک سری مسائل داخلی اقامه دعوی کرد.
مک گی در مقاله ای شرکت سیا را در بزرگترین قتل عام انسانها بعد از کشتار یهودیان توسط نازیها نشان می دهد. مک گی در این مقاله به شرح جریان شکست کودتای طرفدار سوکارنو در در اکتبر 1965 می پردازد و می نویسد :بدنبال شکست کودتا سیا فرصت را با توجه به این حوادث برای در هم کوبیدن حزب کمونیست انداونزی مناسب دید. کشتارهای اندونزی به حدی بود که در جاده شرقی و سوماترای شمالی مشکلات بهداشتی بوجود آورد بوی گند گوشتهای فاسد شده انسانها همه جا را فرا گرفت و آب رودخانه ها در اثر انباشته شدن اجساد انسانها بند آمده بود